尽管在投资项目评价中应用广泛，但单纯的成本效益分析在政府投资评价中有一个致命的弱点：主要强调经济效率本身，对公共投资项目的利益与成本在各社会集团和个人之间的分配问题重视不足。
然而，作为政府投资，它不可能不考虑分配方面的效应。对政府而言，维护社会公平同样重要。政府必须在一项政府投资决策时考虑经济效率，又要考虑经济公平。
因此，人们只能通过其他途径来分析投资项目的经济效率及经济公平问题，在公平与效率之间寻求一个最佳结合点。
在长期的实践中，人们形成了一些基本规则，作为对经济效率和经济公平进行取舍的基本标准：
一、先规定一个最低水平的经济效率，然后再依照经济公平的考虑加以选择；
二、先规定一个最低水平的所得分配，然后再依照经济效率原则来选择；
三、求出明确显示效率与公平两个目标的偏好函数，以便决定选择次序，即通过求出效率与公平两者效益之和最大值，从而进行项目的取舍。
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